2260-й год. Заговор Хана и адмирала Маркуса раскрыт и успешно предотвращен, сохранив Федерацию от превращения в фашистскую диктатуру. Герои дня, капитан Джеймс Кирк и его команда, отправляются все таки на своем корабле - "Энтерпрайзе" в долгожданную пятилетнюю миссию.
Но, действия Нерона и Хана привлекают внимание совсем неожиданных зрителей. Борги, прирожденные враги всех форм разумной жизни, начинают первые шаги по подготовке своего вторжения в сегментум "Альфа", угрожая существованию не только Федерации, но и соседних с ней цивилизаций. Великая Ассимиляция уже началась - и пограничные с сегментумом "Дельта" планеты замолчали, хотя пока еще только готовится борговский блицкриг по отношению к сегментуму "Альфа".
Тем не менее, есть в Мультивселенной силы и более высокого порядка - и представитель одной из таких сил, Квинн, счел для себя невозможным просто сидеть и спокойной наблюдать за уничтожением такой многообещающей временной линии. Поэтому, он все таки уговорил свое "начальство" разрешить ему вмешательство, пусть и не прямое.
Иная временная линия, иное время, иной "Энтерпрайз" - уже возвращающийся после своей пятилетней миссии. Квинн переносит этот "Энтерпрайз" в иную временную линию, в 2260-й год. И теперь, обоим капитанам Киркам (молодому и уже более опытному) и их командам предстоит вместе найти решение, как спасти Федерацию и половину Галактики. Ведь, мало что во вселенной может остановить капитана Кирка и его верную команду, что уж говорить о двух капитанах Кирках...